Nattokinase kan een wisselwerking hebben met verscheidene medicijnen, met name medicijnen welke een bloedstolling beïnvloeden. Het combineren betreffende nattokinase met warfarine, heparine of aspirine kan bijvoorbeeld het risico op bloedingen vermeerderen.   Alhoewel NK kortgeleden met populariteit wint wanneer kandidaat-geneesmiddel wegens